2008.5.1. 인천 소재 A주택재개발정비사업조합은 과세면적비율 44%, 면세면적비율 56%로 관리처분계획인가를 받았다. 이후 2011.7.26. 과세 22%, 면세 78%로 변경되었다. 조합은 기 지급한 공사비중 과세면적에 대하여 부담한 부가가치세를 시공사에서 돌려받을 수 있을 지 의문을 가지고 있다.
2. 해설
조합과 시공사의 계약상 공사계약금액은 항상 부가가치세 별도라고 표시되어있다. 시공사는 조합에 공사용역을 제공할 때 국민주택규모이하의 주택공사용역에 대해서는 부가가치세를 면제 받는 다. 즉, 해당 용역을 제외한 나머지 공사용역, 예를들어 상가건설, 국민주택규모를 초과하는 주택의 건설용역에 대해서는 부가가치세가 과세되므로 조합으로부터 공사대금외의 부가가치세를 추가로 청구하게 된다.
해당 과세와 면세비율의 결정은 면적을 기준으로 결정하게 되는데, 설계변경 또는 상가의 공급이 취소되는 등의 사유가 발생하여 면적이 변동될 경우 기존에 부담한 부가가치세를 돌려받을 수 있을지가 문제가 된다. 조합이 과세부분에 해당하는 면적이 전부 일반분양되는 경우라고 한다면, 조합은 부담한 부가가치세를 전부 공제 또는 환급받을 수 있기 때문에 이러한 논란은 발생하지 않는다.
문제는 과세부분에 해당하는 면적이 조합원에게 분양되는 케이스다. 이 경우 조합은 관련 매입부가가치세를 공제 또는 환급받지 못하게 된다. 즉, 공제받지 못하는 부가가치세는 조합의 사업비로서 부담되어야 하는 예산이 되는 것이다.
따라서 사례와 같이 과세면적의 비율이 44%에서 22%로 줄었을 경우 조합은 해당 비율만큼의 부가가치세를 시공사에 주지 않아도 되기 때문에 예산을 절약할 수 있게 된다. 다만, 그 시기에 대해서는 논란이 있다.
과세관청의 입장은 당초 사업시행인가에 의한 과세 면세비율에 의한 시공사의 세금계산서교부는 유효하고 변경된 사업시행인가에 의해서 면적비율이 바뀐 경우 변경인가이후부터 바뀐 면적비율에 의해서 세금계산서를 교부하도록 하고 있다. (부가 -1051, 2012.10.15)
결과적으로 시공사는 기 교부한 세금계산서를 수정할 필요가 없고 시공사가 세금계산서의 수정을 통해서 부가가치세를 국가로부터 돌려받지 못하므로 조합은 변경전에 부담한 부가가치세를 사후적 원인으로 회수하지 못하게 된다.
또 다른 해석을 살펴보면 면세부분에 대해서 세금계산서를 교부한 경우 이를 수정하여 공급가액을 차감한 수정세금계산서를 교부할 수 있고 (부가46015-1592. 2000.7.5) 과세부분을 계산서로 교부한 것은 증액된 수정세금계산서를 교부할 수 없다(부가 1265-660)라고 해석하고 있다. 즉, 당초에 세금계산서를 교부한 부분에 대해서는 수정세금계산서를 허용하되, 당초부터 계산서로 교부한 것은 수정을 허용하지 않는 것이다. 이러한 해석에 의하면 과세비율이 경감된 경우에는 수정세금계산서의 교부가 가능하다는 의미로 풀어볼 수 있다. 이는 신설된 부가가치세법시행령 제59조 1항 8호(면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우)에서도 확인되는 논지다.
그럼에도 최근의 예규(부가 -1051, 2012.10.15)는 과세비율이 경감된 경우마저 부인하고 있어서 논란의 소지가 있다. 또한 이는 조합이 부담한 공통 매입부가가치세를 전체 사업기간에 걸쳐서 정산할 수 있도록 규정한 부가가치세법 시행령 제61조의 2와 비교해 볼 때 논리적 일관성을 결여한 상당히 불합리한 규정이 아닐 수 없다.
실질과세의 원칙에 근거한 합리적 과세를 위해서는 매출세금계산서에 대해서도 사업기간에 걸친 정산제도를 부여하던지, 좀더 유연한 수정세금계산서의 교부가 이루어지도록 법적 보완이 필요하겠다.
3. 관련예규
[문서번호] 부가 -1051
[생산일자] 2012.10.15
[제목] 설계변경으로 면세면적비율이 증가된 경우 수정세금계산서 발급
[요약]건설용역을 제공하던 중 주택부분에 대한 발주자의 설계변경으로 인하여 부가가치세가 면제되는 국민주택규모 이하의 주택건설용역 제공으로 변경되는 경우 설계변경에 따른 건축허가시점 이전의 과세되는 건설용역에 대하여는 설계변경을 이유로 소급하여 면세를 적용하는 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것임
문의)02-555-5366