해설) 하나의 건물이 상가와 주택으로 구성된 경우 주택이 상가보다 클경우를 제외하고 주택과 상가는 별도로 취급하여 양도소득세를 계산하게 된다. 주택과 상가의 차이점은 비과세규정과 장기보유특별공제의 적용여부이다. 주택은 일정요건을 충족할 경우 양도소득세 비과세규정을 적용받을 수있으며 연간8%씩 최대 80%까지의 장기보유특별공제(이하 "표2")를 적용받을 수있다. 반면에 상가의 경우 비과세규정이 없으며 연간3%씩 최대 30%까지의 장기보유특별공제(이하 "표1")를 적용받게 된다.

사례의 경우처럼 겸용주택이 재개발되어 일부는 현금으로 받고 일부는 주택(아파트)가 된 경우 관리처분인가일을 기준으로 구분된 양도차익에 대해서 어떠한 장기보유특별공제가 적용될 지에 따라서 세부담에서 차이가 발생하게 된다. 우선 양도차익은 크게 네가지로 구분할 수 있다.

(1)관리처분인가전 양도차익으로 상가분 양도차익
(2)관리처분인가전 양도차익으로 주택분 양도차익
(3)관리처분인가후 양도차익으로 주택이 된 상가분 양도차익
(4)관리처분인가후 양도차익으로 주택분 양도차익

양도당시의 주택이므로 전체의 양도차익이 주택으로서의 양도차익으로 비과세여부를 따져야 한다는 점은 이견이 없다. 다만, 장기보유특별공제 및 그 적용을 위한 보유기간에 대해서는 의견이 엇갈리고 있다.  현행의 심판례(조심 2010서3556. 2011.06.17)에 의하면 (1)번의 경우 상가로서 양도차익을 산정하며 따라서 보유기간도 종전주택취득일부터 관리처분인가일까지로 보아 표1을 적용한다. (2)번의 경우 주택으로서 양도차익을 산정하며 종전주택취득일부터 신축주택의 양도일까지를 보유기간으로 보아 표2를 적용한다. (3)번의 경우 종전에 상가이지만, 주택으로 변경되었으므로 표2를 적용하지만, 보유기간은 관리처분인가일부터 신축주택의 양도일까지로 본다. (4)번의 경우 주택으로서 양도차익을 산정하며 종전주택취득일부터 신축주택의 양도일까지를 보유기간으로 보아 표2를 적용한다

결과적으로 볼 때 비록 종전에는 상가주택이지만, 양도시점에 주택이므로 주택으로서 양도소득을 계산하여야 한다. 다만, 상가분으로 인하여 발생한 관리처분인가전 후의 양도차익에 대해서는 불이익을 준다는 것이다.

시행령 제166조는 재개발사업으로 인한 신축주택의 양도 차익을 관리처분계획인가 전과 후로 나누어서 계산하고 있고 기존 건물 중 상가 부분은 관리처분계획인가 전에는 주택이 아니었던 것이므로 1세대 1주택의 장기보유특별공제를 적용하진 않고 표1을 적용하는 것은 타당하다. 또한 관리처분계획인가 후 양도차익 중  종전 상가 비율 부분은 1세대 1주택의 장기보유특별공제를 적용하여 표 2 에 의하여야 할 것이다.

다만, 보유기간에 있어서는  기존건물이 환지의 방식으로 신축주택으로 전환된 것으로 보는 이상, 관리처분계획인가 전의 양도차익 중 주택분, 상가분, 관리처분계획인가 후 양도차익 중 주택분， 주택이된 상가분에서 공제할 장기보유특별공제액의 계산은 모두 보유기간을 기존 건물의 취득일로부터 신축주택의 양도일까지 전체 기간으로 보아야 할 것이다.

최근의 고등법원판례는(서울고법 2012누15168. 2012.11.14)에서도 겸용주택이 재개발 신축되어 양도된 경우 장기보유특별공제액 산정시 보유기간은 취득일부터 양도일까지 통산하여야 한다라고 판시하고 있다. 아직 대법원의 결정이 남아있는 상태이지만, 관리처분인가후의 주택이 된 상가분 양도차익에 대한 보유기간은 관리처분인가일이 아닌 종전주택취득일부터 기산해야 타당할 것이다.