이때 추가분담금을 과세대상 소득으로 볼 것인지에 따라서 커다란 세부담의 차이가 발생하게 된다.  

1. 과세관청의 견해

과세관청은 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 관리처분계획에 따라 조합원에게 토지 및 건축물의 무상지분(권리가액)범위내에서 분양받는 토지 및 건축물로 보고 있다. 따라서 조합이 권리가액을 초과하여 토지 및 건축물을 공급하고 부담내역에 따라 받는 최종부담금은 별도의 과세대상 소득으로 본다. 

 
1 . 예규(서면2팀 -1182, 2006.06.21)
귀 질의의 경우,「조세특례제한법」제104조의 7 제2항의 규정을 적용함에 있어 정비사업조합이「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 당해 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 해당하지 아니하는 것이나,
관리처분계획에 따라 조합원에게 토지 및 건축물의 무상지분(조합원자기지분)을 초과하여 토지 및 건축물을 공급하고 평형별 부담내역에 따라 받는 최종부담금은 수익사업의 익금에 포함하는 것임

2. 예규( 법인세과-669, 2009.02.18 )
〈질의1〉 조세특례제한법 제104조의7 제2항 규정에 따른 정비사업조합(이하"조합"이라 함)이 자기지분을 초과한 아파트를 취득하는 조합원으로부터 조합의 규약 등에 따라 분양대금으로 별도로 지급받는 금액은 수익사업의 익금에 포함되는 것임
질의2〉조합원이 출자한 토지의 평가액이 그가 분양받게 될 신축아파트의 가액보다 커 그 차액을 조합이 조합원에게 지급하는 경우, 당해 조합은 동 지급금액을 그 조합원의 출자금의 감소로 처리하는 것임
〈질의3〉조합이 일반분양자를 제외한 조합원(원조합원, 승계조합원 포함)들만을 위해서 조합명의로 지출한 새시비용은 조합이 사업기간 동안 발생한 이익 중 일부를 조합원에게 분배한 것으로 보아 손금에 산입하지 아니하는 것임

2. 조합원 추가분담금은 출자금이라는 견해

(1) 조합원은 종전부동산을 정비사업조합에 출자하고 본인이 받게 될 아파트나 상가의 가격에 부족한 부분을 공사비조로 현금출자하게 된다.  법인세법 제15조제1항에 의하면 “익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 조합의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.”라고 하고 있고 추가분담금이 현금출자금인 한 추가부담금을 법인세 과세대상사업으로 볼 수 없다.

 1. 소득 46011-3411 ( 1997.12.27 )
 [제      목] :  재건축조합의 조합원이 부담한 분담금의 총수입금액 불산입
[ 요약 ]
주택재건축조합의 소득금액 계산에 있어서 총수입금액은 일반분양하는 잔여세대의 아파트와 자기지분을 초과한 아파트를 취득한 조합원으로부터 조합규약 등에 따라 분양대금으로 별도로 지급받는 금액 및 상가 등의 분양대금을 합계한 금액으로 하는 것이나, 건설비의 부족으로 각 조합원이 부담한 분담금은 추가출자금으로서 총수입금액에 산입하지 아니함

2.  심사소득 99-853 ( 2000.10.13)
 [제      목] :  추가부담금의 수입금액 해당 여부
[ 요약 ]
재건축사업조합의 조합원이 자기지분에 상당하는 아파트를 분양받으면서 납부한 추가부담금은 건설비 부족분에 충당하기 위한 출자금의 성격이므로 수입금액으로 볼 수 없음

(2)조세특례제한법 제104조의7 제3항에 의하면 “정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(해당 정비사업의 시행으로 건설된 것만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)은 「부가가치세법」 제6조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다.”라고 규정하고 있다.

한편 조세특례제한법 시행령 제104 조 의 4 는 정비사업조합의 수익사업의 범위에 대하여 “법 제104조의7제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제3조제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.” 고 한다.

위의 조문에서 공통적인 단어는 “종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물”이다.  이에 대하여 과세관청은 법인세의 과세대상과 부가가치세의 과세대상을 해석함에 있어서 상이한 해석을 내놓고 있는 것이다.

즉, 법인세의 과세대상에는 추가부담금을 포함시키는 데 반하여, 부가가치세에서는 추가부담금을 과세대상에서 제외하고 있다.  이처럼 동일한 법조문의 표현에 대해서 다른 해석을 하고 있고, 해당 해석으로 인해 조합 세금이 크게 달라질 수 있어 심각한 법적 안정성을 해치고 있다.

[문서번호] :  부가 46015-2473
 [생산일자] :  1998.11.02
 [제      목] :  재건축아파트 부가가치세 과세여부
[ 요약 ]
재건축조합이 재건축 구역안의 토지 또는 건축물을 인도받아서 종전의 건축물을 철거한 후에 재건축사업을 시행하여 신축한 주택을 종전의 토지 등의 소유자인 당해 조합원에게 관리처분계획에 의하여 분양하는 경우에는 분양주택이 당초지분을 초과하는 경우에도 부가가치세가 과세되지 아니함

부가 46015-2148, 1999.07.26
[ 제 목 ]
재건축조합의 조합원이 당초 지분 초과하여 공급받는 주택, 상가의 VAT과세여부
[ 요 지 ]
종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(당초 지분을 초과하는 경우 포함, 당해 정비사업의 시행으로 건설된 것에 한함)은 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것임

3. 소득, 법규과-0328, 2012.03.30
 [ 제 목 ]
재건축조합의 필요경비에 산입하는 토지의 가액 산정 기준일 등에 대한 답변

[ 요 지 ]
재건축조합원이 토지를 현물 출자하는 경우 재건축조합의 토지 취득시기는 주택조합설립인가일 또는 출자한 토지의 신탁등기접수일 중 빠른 날을 말하는 것입니다.

3. 결론

현행 조합사업에 대한 과세관청은 견해는 현물출자설에 치우쳐 있다. 즉, 조합원이 종전토지를 조합에 출자하는 것을 전제로 소득을 산정하는 것이다. 조합이 현물 즉, 토지 등을 출자하는 경우와 현금(추가부담금)을 출자하는 경우의 실질이 다름이 없는 데도 불구하고, 그 때 그 때 견해를 달리하고 있는 것이 현실이다.

또한  일반분양분이 없는 재건축 또는 리모델링이라면, 조합원이 본인의 집을 새로 짓거나, 확장 대수선하는 것이기 때문에 법인세 등의 과세여부를 따질 이유도 없다. 조합의 주업은 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업이다. 일반분양분의 유무가 조합원에게 공급하는 토지 건축물에 대한 과세유무를 결정한다는 것은 논리적 모순이다. 명확한 유권해석이 필요한때이다.

문의) 02-555-5366