주용철 세무사 / 세무법인 지율

사례) 지율조합은 2002.8.1. 방배동 일대에서 주택재개발정비사업을 목적으로 설립된 조합이다. 2005.10.15. 사업자등록 후 2008.4.10. 관리처분계획변경인가가 되기 전까지인 2005년 제2기부터 2007년 제2기까지 과세기간에 수취한 세금계산서에 대하여 전액 매입세액불공제를 하여 각 과세기간별 부가가치세를 신고하였다.

이후 관리처분계획변경인가로 확정된 과세 및 면세 비율에 따라 공제받지 못한 공통매입세액을 안분계산하여 2008.4.25. 2005년 제2기부터 2007년 제2기까지 각 과세기간에 대한 부가가치세 환급청구를 했다.

일단, 관할 세무서에서는 부가세환급을 받을 수 있었고, 조합은 환급받은 자금으로 급한 불은 끌 수 있었다. 그런데 세무서의 종합감사시 경정청구한 것이 잘못되었다며 이미 환급받은 세금을 재고지 하였다. 조합은 무엇이 잘못된 것인지 이해할 수 없었다.

 

해설) 조합의 사업진행단계는 최초 추진위원회부터 시작한다. 이후 조합설립을 거쳐 사업시행인가와 관리처분계획의 인가 그리고 아파트와 상가를 짓고 준공 그리고 청산을 끝으로 사업은 마무리된다. 이러한 일련의 과정이 하나의 사업으로 시작과 종점을 가지게 된다.

조합이 지출하는 사업비와 공사비에 대해서는 국민주택건설용역등 일부 면세용역을 제외하고는 부가가치세가 포함되어 있다. 이러한 부가가치세는 매입부가가치세라는 용어를 쓰게 된다. 원칙적으로 부가가치세가 과세되는 사업과 대응되는 매입부가가치세는 전액 공제를 받게 된다. 예를 들어 조합이 분양하는 일반 상가건물과 일반아파트중에서 국민주택규모초과분 건물에 대해서 부가가치세가 과세되며, 매입부가가치세 중에서 이들과 대응되는 부가가치세는 공제를 받거나 환급을 받을 수 있게 된다.

문제는 조합의 사업진행단계중에서 일반분양분의 면적 및 건물의 분양가격을 알 수 있는 시점이 사업이 본격적으로 진행된 이후라는 것이다. 최소한 관리처분계획의 인가단계이후에나 조합원분양분이 확정되어 체비지성격으로 분양될 일반분양분의 평형 및 세대수가 결정된다. 심지어 일반분양상가의 경우 거의 준공에 임박해서나 분양규모가 결정된다. 이로 인해서 대부분의 조합들은 관리처분단계이전까지는 매입부가세를 환급받지 않고 있다가, 관리처분이 되어서야 환급신청을 하게 된다.

사례의 경우 쟁점이 되는 것은 환급신청을 하는 것은 좋은데 이미 지나간 기간에 대해서 이미 신고한 내용을 수정해서 경정해달라고 청구하는 것이 맞는지, 아니면 면적 등이 확정된 기간에 한꺼번에 정산해서 환급신청하는 것이 맞는지에 대한 판단문제이다.

조합은 공사비 등 용역비에 포함된 매입부가가치세에 대해서 과세면적과 면세면적의 비율에 의하여 안분계산하여 신고하게 된다. 사례의 조합도 2005년2기, 2006년1기, 2006년2기, 2007년1기, 2007년2기까지 면적이 미확정상태이므로 전액 면세면적으로 분류하여 관련매입세액을 공제받지 않았다. 이후 관리처분인가로 인해 면적등이 확정되었고, 사례조합은 이미 신고한 2005년2기, 2006년1기, 2006년2기, 2007년1기, 2007년2기 귀속분에 대해서 확정된 면적으로 각 신고기간별 환급청구를 한 것이다.

그러나 세법은 정산이라는 제도를 이용하여, 과거의 미확정분을 바로잡는다. 「부가가치세법 시행령」제61조의2(공통매입세액의 정산)에서, 같은 법 시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제4항에 따라 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하는 것으로 규정하고 있다.

결국, 조합은 2008.4.10. 쟁점사업에 대한 관리처분계획변경인가가 됨에 따라 과세사업과 면세사업의 사용면적이 비로소 확정된 것으로 볼 수 있으므로, 사용면적이 확정되는 과세기간, 즉, 2008년 1기확정분에 대한 부가가치세 신고시 2005년부터 2007년2기분까지의 매입세액을 정산하여 환급 청구해야 하는 것이다.

▶ 조심2009서3619[심판]

[ 제 목 ]

주택재개발정비사업의 공통매입세액 안분계산

[ 요 지 ]

법인이 과세"E면세 예정사용면적에 따라 적법하게 공통매입세액 안분계산을 신고하다가 과세"E면세 사용면적이 확정되었더라도 경과된 과세기간에 대하여 경정하는 것이 아니고 그 사용면적이 확정된 과세기간의 확정신고시에 공통매입세액의 정산을 통하여 예정사용면적과 확정사용면적의 차이로 인한 세액의 차이를 조정하는 것임

문의) 02-555-5366

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