민간을 중심으로 주택을 공급하는 제도인 도시및주거환경정비법(이하 ‘도정법’이라 함)에 근거한 재건축.재개발 정비사업의 경우에는 재건축초과이익환수에관한법률에 근거한 재건축부담금이 사업상 부담으로 작용하고 있고, 주택법에 근거하여 시행되는 지역주택조합사업 등의 경우에는 토지 등 소유에 따른 종합부동산세가 부담으로 작용하고 있다. 이하에서는 최근에 서울행정법원에서 선고한 미분양주택에 대한 종합부동산세 부과처분에 관한 판결이 있는 바, 여러 가지 시사점이 있어 이하에 소개하여 보기로 한다.

사안은 A지역주택조합이 아파트건설사업승인을 받은 뒤 B 건설사와 공사도급계약을 체결하였고, 아파트가 완공된 이후인 2019년 1월 관할 군수로부터 사용승인을 받았으며, 그 이후 조합은 미분양주택에 대해 신탁회사를 수탁자로 제3자를 우선수익자로 지정하는 등의 부동산 담보신탁계약을 체결한 뒤 신탁회사로 소유권이전등기를 마쳤으며, 그 이후 신탁회사의 관할 세무서는 종합부동산세를 부과하였고, 이에 신탁회사는 과세 당국의 부과처분이 위법하다며 법원에 소송을 제기하였다.

이에 관하여 우선 신탁회사는 본건 아파트는 국민주택규모의 주택으로 그에 대한 공급은 조세특례제한법에 따라 부가가치세가 면세되는 재화의 공급에 해당하고, 결국 부가가치세 면세사업자인 A 조합은 사업자등록 의무가 없다며 대신 국세기본법에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받고 고유번호를 부여받았는데 이는 사업자등록에 준하는 것이라는 주장을 하였다.

그런데 법원은 이러한 점에 관하여 A 조합은 2020년 종부세 과세 기준일인 2020년 6월 1일까지 사업자등록을 하지 않아 종합부동산세 면제대상이 아니라고 판단을 하였다. 그 근거로는 구 종합부동산세법은 미분양주택이 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 제외되려면 신탁재산의 경우 위탁자가 과세기준일 현재 사업자등록을 하여야 하다고 규정되어 있고, 소득세법과 법인세법에 따르면 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 소득세법 또는 법인세법에 따른 사업자등록을 한 것으로 보고 있고, 부가가치세법상 사업자등록을 한 경우 이에 포함 된다 하겠지만, 단지 국세기본법에 따라 고유번호만을 부여받은 A 조합은 사업자등록을 한 자에 해당한다고 볼수 없다고 판시하면서, 부가가치세법에 따르면 사업자등록과 고유번호를 구별하고 고유번호만을 부여받은 사업자는 매입공제대상이 아니며, 고유번호의 취지는 조세탈루를 막기 위한 점 등에 비추어 보면 부가가치세법은 사업자등록을 한 자와 고유번호를 부여받은 자 간에 그 권리와 의무를 달리 부여하고 있다고 판시하고 있다.

그런데 위 법원의 판결은 일응 형식논리 관점에서는 타당할 수 있겠으나 아래에서 보는 관점에서 볼 때, ‘실질과세의 원칙’상 의문이 있어 보인다. 위 조합의 경우에는 조세특례제한법에 따라 부가가치세가 면세되는 재화의 공급에 해당하고, 결국 부가가치세 면세사업자인 A 조합은 사업자등록의무가 없음에도 불구하고, 단지 사업자등록의 유무에 따른 형식논리에 따라 종합부동산세의 부과여부가 달라지는 결과가 되고 있다. 그리고 지역주택조합 관점에서 보면, 위 일반분양 주택의 분양은 비록 고유번호증만 있다 하더라도, 본질상 조합원들과 별개의 단체인 조합이 시행하는 분양사업임에 분명함임에도 불구하고 이를 다르게 취급하는 것은 재건축.재개발 정비사업과의 형평의 관점에서도 부당하다 할 것이다. 주택공급이라는 관점에서 볼 때, 주택법상 지역주택조합 등도 중요한 일익을 담당하고 기능을 하는 점을 고려하여 입법론적인 고려가 필요한 것으로 생각된다.

따라서 지역주택조합으로서는 현실적으로 실무상 사업자등록이 미비한 경우에 미분양주택, 즉 일반분양분에 대하여 종합부동산세가 부과되는 불이익을 받게 되는 것이므로 지역주택조합으로서는 늦어도 아파트 준공 후 이전 고시 후 소유권이전등기가 확립된 시점에는 일반분양분에 대한 분양사업을 목적으로 하는 사업자등록을 신청하여 사업자등록을 받아두는 것이 현명한 대책으로 보여진다.

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