그 후 2011.3.18.을 수용개시일로 하여 쟁점부동산에 대한 수용절차가 진행되어 조합은  2011.3.17. 토지보상금 및 건물보상금을 공탁하였다. 이후 2011.3.25. 토지의 소유권이, 2012.2.3. 건물의 소유권이 각각 조합으로 등기이전 되었다.  김씨는 상가의 양도일을 건물의 소유권이전 등기접수일(2012.2.3.)로 하여 공익사업수용으로 인한 감면을 적용한 후의 세금을 2012년 귀속으로 신고납부하였다.

이후 세무서에서는 상가의 양도일을 수용개시일로 보아 이미 신고납부한 2012년 귀속 양도소득세는 돌려주고 2011년 귀속으로 하여 양도소득세를 다시 계산한 후 가산세를 붙여서 세금을 고지하였다.
 

판단) 도시및 주거환경정비법에 의한 재개발사업은 공익사업으로 조합에 수용권이 주어진다. 수용되는 부동산의 경우 토지주와 조합이 합의되지 않은 상태에서 소유권이 이전된다. 따라서  토지주의 입장에서는 돈도 받지 않은 상태에서 등기를 넘겨주게 되고, 또 양도소득세를 내야 하는 문제가 생긴다. 

김씨의 경우 두가지의 다툼이 있다.

첫째, 공익사업을 위하여 수용되는 자산의 양도시기를 수용개시일로 볼 것인지 아니면, 소유권이전등기접수일로 볼 것인지 이다.

「소득세법」 제98조에는 자산의 양도차익을 계산할 때 대금청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 일정한 경우 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날을 그 취득시기 및 양도 시기로 한다고 규정하고 있다. 그리고  ＂대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우＂에 대해서는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날로 규정하고 있다. 

사실 김씨의 경우  조합설립무효소송이 계류중에 있어서 조합이 쟁점부동산을 수용할 자격이 있는지 여부에 대하여 법원의 판단을 기다릴 수밖에 없는 사정이 있었다. 또한,  공시지가 수준으로 공탁된 수용보상금을 매매의 대가로 보고 받아들이기는 어려웠을 것이다.

종전에는 수용보상금에 대한 불복으로 인해서 보상잔금이 늘어날 경우 그때는 잔금청산일로 보아 양도시기를 적용하였다. 그러다보니 토지소유주들의 불복여부에 따라 양도시기가 달라지는 문제가 발생하였고,  2010.2.18. 「소득세법 시행령」 제162조 제1항을 개정하면서 수용개시일에 토지 등의 소유권이 양도되는 것으로 간주하도록 잔금청산일, 수용개시일, 소유권이전등기접수일 중 빠른 날을 양도시기로 보도록 규정하였다.

따라서 김씨의 양도건의 경우도 2011.3.18.을 쟁점부동산의 양도시기로 보아야 한다.

두 번째 쟁점은 귀속시기를 달리하여 신고한 것에 대해서 신고납부불성실가산세를 감면받을 수 있는 정당한 사유가 있는지 여부이다.

「국세기본법」 제48조는  세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 같은 법 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

김씨의 경우도 당초에 조합을 상대로 제기한 조합설립무효확인소송 등의 확정판결이 나오기까지 조합이 정당하게 쟁점부동산을 수용할 지위에 있는지, 양도소득이 확정적으로 발생하게 되는지 여부에 대한 의문을 가질 수밖에 없는 상황이었다.

그러나, 대법원 판례(대법원 2005두10545, 2007.4.26. 참고)에 의하면 “가산세는 개별세법이 과세의 적정을 기하기 위하여 정한 의무의 이행을 확보할 목적으로 그 의무위반에 대하여 세금의 형태로 가하는 행정벌의 성질을 가진 제재로, 납세자 고의·과실 여부를 불문하고 부과할 수 있고, 법령부지·착오 등은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다”라고 판시하고 있다.

결국 김씨의 경우 소송의 진행으로 인해 양도소득의 발생여부가 미확정적이었지만, 기타 다른 법령에 의한 수용절차가 유효하게 진행되고 있었으므로 소득세법에 의해서 양도소득세를 산정하여 신고하여야  불이익을 최소화시킬 수 있다. 향후 소송의 확정에 의해서 양도가 무효화되었을 때는 그 시점에 세금을 돌려받는 절차를 진행하면 된다.

<관련법령>

(1) 소득세법

제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령

제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 ＂대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우＂란 다음 각 호의 경우를 말한다.

7.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날

문의) 02-555-5366